Bazar iqtisadiyyatına keçid şəraitində məqsədyönlü və ardıcıliqtisadi siyasətin həyata 
keçirilməsində, ölkənin iqtisadi və sosial inkişafının əsasını təşkil edən dövlət büdcəsi gəlirlərinin formalaşmasında Vergi xidməti orqanlarının rolu durmadan artır. Bu xidmət ölkə iqtisadiyyatında bazar münasibətlərinə keçidlə əlaqədar, bu münasibətlərin tənzimlənməsində və dövlət büdcəsinin mədaxil hissəsinin formalaşmasında vergilərin rolunun artması ilə bağlı olaraq, yeni iqtisadi münasibətlər şəraitində prinsipial cəhətcə yeni vergi siyasətinin həyata keçirilməsi, dövlət büdcəsinə çatası Vergilərin və digər icbari ödənişlərin tam və vaxtında səfərbər olunması, hüquqi və fiziki şəxslər tərəfindən Vergi qanunvericiliyinə və dövlət qiymət intizamına riayət olunmasına dövlət nəzarətinin təmin edilməsi məqsədilə 1990-cı ilin iyul ayında Respublika Maliyyə Nazirliyinin tərkibində yaradılmışdır.
Sonradan, 1991-ci ilin oktyabrında Vergi qanunvericiliyinə və dövlət qiymət intizamına riayət olunmasına nəzarət sisteminin təkmilləşdirilməsi, bu sahədə dövlət vergi xidmətinin rolunun gücləndirilməsi, onun müstəqil fəaliyyətinin və nəzarət işlərinin obyektivliyinin təmin edilməsi məqsədi ilə bu xidmət Maliyyə Nazirliyinin tərkibindən çıxarılmış və müstəqil orqan, Azərbaycan Respublikası Baş Dövlət Vergi Müfəttişliyi kimi fəaliyyət göstərməyə başlamışdır.
Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 11 fevral 2000-ci il tarixli Fərmanı ilə Baş Dövlət Vergi Müfəttişliyi ləğv edilmiş, onun bazasında ölkədə dövlətin vergi siyasətinin həyata keçirilməsini, dövlət büdcəsinə vergilərin və digər daxilolmaların vaxtında və tam yığılmasını təmin edən və bu sahədə dövlət nəzarətini həyata keçirən mərkəzi icra hakimiyyəti orqanı Vergilər Nazirliyi yaradılmışdır.